追加：
そのあといろいろと試行錯誤してみました

フリーのhtppdサーバーソフトを立ち上げると
ＣＧＩが動きますが
ｗｅｂアプリを動かすために設定をすると
内部のhtppdサーバーと　共存できないようです？？
ｗｅｂアプリとＣＧＩを両方使いたいのですが
可能でしょうか
その方法を教えて下さい

一般的なWebサーバ(IISやフリーのhttpd)は特に設定をしなければ、
ポート番号:80を利用すると思います。

一番簡単な方法は、IISかhttpdの使用するポート番号の設定を変更して
別の番号を使用することです。
例えば、IISの設定を変えてポート番号に100000を使用することにしたとすると

http://サイトのURL:10000/ディレクトリ/xxxxx.aspx

のような形でアクセスすればWebアプリにアクセスでき、cgiの方は今まで通りの

http://サイトのURL/ディレクトリ/xxxxxx.cgi

のようなURLでアクセスできます。

URLをポート番号付きにしたくない場合は、

１．IISとhttpdを連携させ、例えばIISに来たリクエストのうち拡張子がcgiの
ものだけhttpdに処理をスルーするように設定
２．cgiをIISで処理させるように設定する

という方法が思い浮かびます。

１．は実現可能なことなのかどうかわかりません。
サーバサイドのJavaなんかでhtmlファイルはApache(Webサーバ)が処理し、
jspファイルはTomcat(Webサーバ/アプリケーションサーバ)が処理するというような連携が可能
ですが、
IISとhttpdでそういうことが可能なのかどうかは知りません。
(できないような気がします・・・)

２．私はやったことはありませんが、Webで調べるとやり方が載っているので、
こちらはおそらく可能だと思います。
例えば、↓とか。
http://www.usa.ne.jp/iis_cgi_in.htm

IISでActive Perl を使用する手順の確認ができましたのでアップします。

Perl インストール後
コントロールパネル
　管理ツール
　　インターネットインフォメーションサービス
　　　既定の Web サイト /右クリック /プロパティ
　　　　ホームディレクトリ /構成
　　　　　マッピング /追加

　　　　　D:\Perl\bin\perlis.dll
　　　　　拡張子 .cgi を指定
　　　　　　適用/ｏｋ
テスト用に
C:\Inetpub\wwwroot下にperlフォルダを作成し
monty.cgi ファイルをおく。
IE のアドレスバーに
http://localhost/perl/monty.cgi
で確認しました。

もちろんASP.NETアプリケーションも正常に動いています。

ポートを分ける方法ですが、わたしの場合
ルーター使用してあり、バーチャルサーバーの設定をしていますが
ポートをひとつしか設定できません

シーさんの方法を早速テストしてみましたがあっけなく成功しました

この設定をしないととＣＧＩソースがパスワードごと丸見えになって
しまうのですね！！？・焦りました（実害もでました；）。
これでもまだ危険ならばパスワードを組み込むＣＧＩは断念します

ありがとうございました