連動させる部分のソースコードがないと、何とも言えません。

dairygoods様：
申し訳ございません
早速ソースコードを載せておきます

if (IsDlgButtonChecked(IDC_CHECK_SCR) != 0)
{
int hpos = GetDlgItem(IDC_EDIT_B)->GetScrollPos(SB_HORZ);
int vpos = GetDlgItem(IDC_EDIT_B)->GetScrollPos(SB_VERT);
GetDlgItem(IDC_EDIT_A)->SetScrollPos(SB_HORZ, hpos, TRUE);
GetDlgItem(IDC_EDIT_A)->SetScrollPos(SB_VERT, vpos, TRUE);
}

GetScrollPos()はスクロールバーの位置を変える関数で、
スクロールバーが操作されたことがEDITに伝えられるわけではないと思います。

WM_VSCROLL,WM_HSCROLLメッセージをEDITに送って
擬似的にスクロールバー操作イベントを発生させてはどうでしょう。

＞2.クリックアンドドラッグでスクロールバーを移動すると連動しない

上記処理がどこにあるのかわかりませんが、
スクロール操作のイベントを捕まえたいなら、
EDITをサブクラス化してWM_VSCROLL,WM_HSCROLLを処理すればよいでしょう。

dairygoods様：
早速のご回答、有難うございます。
再度検討し、解決次第ここに載せたいと思っております。

解決しました！
1つ目の問題は以下のような処理で実装できました
*****************************************************************************
m_LenB = （エディットボックスの横の最大値）
m_LineB = （エディットボックスの行数）
m_ScrFlg = OFF;

・
・
・

if (m_ScrFlg == OFF) {
m_ScrFlg = ON;
// 現在の水平スクロールバーの位置取得
int hpos = GetDlgItem(IDC_EDIT_A)->GetScrollPos(SB_HORZ);
// 現在の垂直スクロールバーの位置取得
int vpos = GetDlgItem(IDC_EDIT_A)->GetScrollPos(SB_VERT);
// カーソルの原点復帰
GetDlgItem(IDC_EDIT_B)->SendMessage(EM_LINESCROLL, 0 - m_LenB, 0 - m_LineB);
// カーソルの移動
GetDlgItem(IDC_EDIT_B)->SendMessage(EM_LINESCROLL, hpos, vpos);
m_ScrFlg = OFF;
}
**************************************************************************
2つ目の問題は以下のような処理で実装できました
*****************************************************************************
// 現在の水平スクロールバーの位置取得
int hpos = GetScrollPos(SB_HORZ);
// 現在の垂直スクロールバーの位置取得
int vpos = GetScrollPos(SB_VERT);
// 操作されたエディットの判定
int contid = GetDlgCtrlID();
// 変換前エディットの操作
if (contid == IDC_EDIT_B)
{
// カーソルの原点復帰
pRDlg->GetDlgItem(IDC_EDIT_A)->SendMessage(EM_LINESCROLL,
0 - pRDlg->m_VA, 0 - pRDlg->m_HA);
// カーソルの移動
pRDlg->GetDlgItem(IDC_EDIT_A)->SendMessage(EM_LINESCROLL,
hpos, vpos);
// 変換後エディットの操作
} else
{
// カーソルの原点復帰
pRDlg->GetDlgItem(IDC_EDIT_B)->SendMessage(EM_LINESCROLL,
0 - pRDlg->m_VB, 0 - pRDlg->m_HB);
// カーソルの移動
pRDlg->GetDlgItem(IDC_EDIT_B)->SendMessage(EM_LINESCROLL,
hpos, vpos);
}