【訂正】
フォーカスと表現していますが、正しくは文字が反転した状態のことです、
上手く説明できなくてごめんなさい。

EM_SETSEL (CEdit::SetSel) でできます。

RAPTさん、いつもお世話になっております。
エディットボックスをサブクラス化した部分の、メッセージハンドラを受ける部分で、
下記の様に実装しましたら、一文字目は反転表示されていますが、
続けてキー入力を行うと、一文字目の反転が解除されて、
直後に二文字目を入力することが、できました。

先に【このようにしたい】で書きました、振舞いとは若干異なりますが、
十分に目的を果たすことができました、どうもありがとうございました。

// コンストラクタ
CNumberEditBox::CNumberEditBox() : dwSelection(-1), bNoScroll(FALSE)
{
}

// CNumberEditBox メッセージ ハンドラ

void CNumberEditBox::OnChar(UINT nChar, UINT nRepCnt, UINT nFlags) {
CEdit::SetSel(dwSelection, bNoScroll);
SetLimitText( 4 );
if( nChar == VK_BACK ||
nChar == VK_DELETE ||
nChar == VK_TAB )
{
CEdit::OnChar(nChar, nRepCnt, nFlags);
return;
}
// 0～9以外の場合は、何も行わずに終了。
// 0～9までは、既存のハンドラ呼び出し。
if( !( nChar >= '0' && nChar <= '9') )
{
return;
}
CEdit::OnChar(nChar, nRepCnt, nFlags);
}

SetSel で開始位置、終了位置ともに、現在入力されてる文字の長さを与えてやる
ことで、選択範囲なし・カーソルは末尾、という状態を実現できます。

たとえば、現在入力されている文字が１文字であれば、SetSel( 1, 1, TRUE ); とか。