そんなことできるんだ...。
というかコンソールアプリにする必要性とは？

ShowWindowの後でループしている(プログラムが終わっちゃう？ので)部分が
あると思うのですがそこでメッセージ処理。とか。。

MSG msg;

for(;;) {
// なんか処理

if (::PeekMessage(&msg, NULL, 0, 0, PM_REMOVE) &&
!AfxGetThread()->PreTranslateMessage(&msg)) {
::TranslateMessage(&msg);
::DispatchMessage(&msg);
}
}

試してみたらできましたけど、あまり詳しくないので。。。
過去ログでDoEventsやPeekMessageなどを検索したら出てきます。

ありがとうございます。早速試してみます。
コンソールアプリにする理由は、基本的にはUNIXプログラムを作成するのと
ほとんど変わらないからです。
ただ、一部においてダイアログを使用したいという訳です。

なかなかコンソールアプリについて載っていないので
困っていました。
今後ともよろしくお願いします。

新規作成->Win32Application->「単純なWin32アプリケーション」
で作ったスケルトンを、こう改造してみました。
デバッガで実行して「*」と「-」がどのように表示されていくか見てみると
結構面白いと思います。
（WinMe,VC6 SP4or5です）

#include stdafx.h

void CALLBACK TimerProc( HWND,UINT,UINT,DWORD ){
OutputDebugString( * );
}

int APIENTRY WinMain( HINSTANCE,HINSTANCE,LPSTR,int ){
SetTimer( NULL,1,500,TimerProc );
BOOL b;
MSG msg;
while( b=GetMessage( &msg,NULL,0,0 ), 0<b ){
OutputDebugString( - );
if( IDCANCEL==MessageBox( NULL,OKで継続,test,MB_OKCANCEL ) )
PostMessage( NULL,WM_QUIT,0,0 );
}
OutputDebugString( \n );
return b;
}

遅くなりましたが、みなさんありがとうございます。

結局、私の環境ではモードレスダイアログでは、砂時計を消すことはできませんでした。
今回は、都合によりあまり時間をかけられなかったので
無理やりモーダルダイアログに変更して対処しました。