long*型にキャストして入れるか、long型変数にmemcpyするかしてできないでしょうか？

> memcpy(chDataX, &chBuf[nX], nByteSize);
// nByteSizeが何ものか？nXって？ループの中では同じ値を指し続けているか？
memcpy(&pstrXY->m_lX, &chBuf[nX], sizeof(long));

あ～すいません。
> // nByteSizeが何ものか？
は
>nByteSizeには取得するバイト数1or2が入る
にありましたね。

となると、１バイトの時もありうるならば、memcpy の前に明確に初期化処理が必要か
も。

Blueさんありがとうございます。

for(count2 = 0; count2< nCoorCount; count2++)
{
　memset(chDataX,'\0',sizeof(chDataX)); // chDataX を初期化
　memset(chDataY,'\0',sizeof(chDataY)); // chDataY を初期化

で初期化処理はしています。

nXは取得するバイトの先頭をさしています。
書き忘れましたがfor文の最後でこのように場所移動させています
nDaiSize はバイト(1 or 2バイト)すうによってかわるので可変です。

pstrXY++;
nX = nX + nDaiSize; // データ位置カウントアップ（X）
nY = nY + nDaiSize; // データ位置カウントアップ（Y）

1バイト時
nXの初期値は0で 0バイト目から1バイトを取得するので 56を指す
nYの初期値は1で 1バイト目から1バイトを取得するので 08を指す

2バイト時
nXの初期値0で 0バイト目から2バイトを取得するので 56 08を指す
nYの初期値2で 2バイト目から2バイトを取得するので C6 62を指す

バイナリーデータも実際には256バイトあります
説明不足で済みません。

で、もう回答は書いたつもりなんですけど。

pstrXY->m_lX = 0;
pstrXY->m_lY = 0;

memcpy( &pstrXY->m_lX, &chBuf[ nX ], nByteSize );
memcpy( &pstrXY->m_lY, &chBuf[ nY ], nByteSize );

一応わかりやすいSample)

char s[ 2 ] = { 0x56, 0x08 };
long l;

l = 0;
memcpy( &l, &s[ 0 ], 2 );// 2134

l = 0;
memcpy( &l, &s[ 0 ], 1 );// 86

メモリ上でlongのデータがどのように配置されているかをきちんと理解していれば、
答えは出ると思いますよ。
この部分でまだうまく処理がかけないというのはその部分の理解が足りないからです。
メモリ上のlongやshortのデータがどのように配置されているのかをデバッガ等で
確認してみてください。また、メモリコピーがどのようにデータをコピーしているのかも
きちんと抑えておくべきです。

> long*型にキャストして入れるか
これ大間違いでした。sizeof( long ) == 4 の環境ではまずかったです。

sizeof( short ) == 2 の環境であるならば、２バイトの値を取得するときは
unsigned short* でキャストして取得ですね。

char s[ 2 ] = { 0x56, 0x08 };
long l;

// 2バイト
l = *( ( unsigned short* )&s[ 0 ] );

// 1バイト
l = *( ( unsigned char* )&s[ 0 ] );

Blueさん丁寧な説明ありがとうございます。
PATIOさんアドバイスありがとうございます。

Blueさんのを参考にして下記のように解決しました。

for(count = 0; count< 5; count++)
{
　// 初期化
　pstrXY->m_lX = 0;
　pstrXY->m_lY = 0;

　// バイナリデータを格納
　memcpy(&pstrXY->m_lX, &chBuf[nX], nByteSize);
　memcpy(&pstrXY->m_lY, &chBuf[nY], nByteSize);

　pstrXY++;
　nX = nX + nDaiSize; // データ位置カウントアップ（X）
　nY = nY + nDaiSize; // データ位置カウントアップ（Y）
}

ちなみに、malloc した領域は free しないのですかね？
まぁしなくても、プログラムが終われば、システムが解放してくれますけど。

freeするときはmalloc関数の戻り値を指定しないといけないので、

>pstrXY = (COOR_STR* ) malloc(sizeof(COOR_STR) * nNumOfData);
>pstrXY++;
のように、malloc関数の戻り値を書き換えて使っているようですと、freeするときに
進めた分ポインタを戻すような作業が必要になります。

配列のように

pstrXY[ 0 ]

というようにアクセスするか、free用にmalloc関数の戻り値を保持する変数をもう１つ
用意するようにしたほうがいくらか簡単です。