CStdioFileを調べてみましょう ：-)

CStdioFile InxFile(InxPath, CFile::modeRead | CFile::typeBinary);
while(InxFile.ReadString(get) != 0){
sprintf(pbuf,%s,get); //CString→char
tok=strtok(pbuf,,);
get =tok;
}
まで行きました。
あとは書き込みですね。

横槍失礼m(__

CString を使ってるのだから、

int nToken = 0;
CString tok = get.Tokenize(_T(,),nToken);

か

get.Replace(置換される文字列,置換する文字列);

のが楽のような？？

おかげさまできれいなソースになりました。

CStdioFile InxFile(InxPath, CFile::modeReadWrite | CFile::typeBinary);
while(InxFile.ReadString(get) != 0){
　tok = get.Tokenize(_T(,),nToken);
　get.Replace(tok,000);
　InxFile.WriteString(get);
}

試しに上記のように行ってみました。
getの中身がAAA,20040806123834,ABC1,71,1,0,0
から000,20040806123834,ABC1,71,1,0,0
となりました。

ただここで躓いたのですが、取得した行を書き換えする処理と
2行目がうまく取得できません。

お手数ですがよろしくお願い致します。

CStdioFile InxFile(InxPath, CFile::modeReadWrite | CFile::typeBinary);
while(InxFile.ReadString(get) != 0){
　tok = get.Tokenize(_T(,),nToken);
　get.Replace(tok,000);
　InxFile.SeekToBegin();　　　→追加
　InxFile.WriteString(get);
}

当たり前ですが
InxFile.SeekToBegin();
を追加しましたら、1行目だけ書き換わりました。
ですが、2行目をどう書き換えたらいいか・・・。

取得した文字数分を先頭からSeek(len,CStdioFile::current)
するのでしょうか？

CStdioFile InxFile(InxPath, CFile::modeReadWrite | CFile::typeBinary);
InxFile.SeekToBegin();
while(InxFile.ReadString(get) != 0){
　int nToken = 0;
　tok = get.Tokenize(_T(,),nToken);
　get.Replace(tok,AAA);
　int len = get.GetLength();
　length = length + len + 1;
　InxFile.Seek(length,CStdioFile::begin);
　}
InxFile.Close();

すべてAAAに変換されますが、なんとか出来ました。
でももっときれいな書き方はあるのでしょうか？

何度も申し訳ございません。

CStdioFile InxFile(InxPath, CFile::modeReadWrite | CFile::typeBinary);
while(InxFile.ReadString(get) != 0){
　int nToken = 0;
　tok = get.Tokenize(_T(,),nToken);
　get.Replace(tok,AAA);
　InxFile.WriteString(get);//->???
　int len = get.GetLength();
　length = length + len + 1;
　InxFile.Seek(length,CStdioFile::begin);
}

EEE,20040806144114,ABC1,75,1,0,0
の行で
InxFile.WriteString(get);//->???
でアクセス中にディスクがいっぱいになりましたと
起こられました。

なんでしょうか？

とりあえず、元ファイルをそのまま書き直すのはあまりお勧めできないかな～？
私なら、一旦テンポラリファイルに出力して、変換後リネームとかかな～
小さなファイルなら、メモリに変換しながらロードして、最後に一気に書き出すとか～

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#include atlfile.h

CStdioFile InxFile(InxPath, CFile::modeRead|CFile::typeText);
CAtlTemporaryFile tempxFile;

ATLVERIFY(tempxFile.Create(NULL,GENERIC_WRITE)==S_OK);

while(InxFile.ReadString(get)){

// ここで置換処理を行う

// ここから書き込み処理
int nWrite;
get += _T(\n); // <-改行消えてるので足す
　tempxFile.Write(get.GetBuffer(),get.GetLength(),&nWrite);
}
InxFile.Close(); // <-閉じてしまう

// もしかしたら、元ファイルを一旦消さないとだめかも？
ATLVERIFY(tempxFile.Close(InxPath)==S_OK); // <-リネームコピーしてくれる

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とかかな～？
これはテンポラリファイル使う場合ね
# コンパイルしてないから通るかわからないけど・・・(^^;

あいるさんありがとうございます。
実は、マルチ投稿になっておりますので、続きの質問は下記に致します。
お手数ですが、お時間あれば下記の所をみていただけませんでしょうか？
VC++超初心者会議
http://www.interq.or.jp/gold/marken/bbs.htm

あいるさんの処理を参考に話を進めていきたいと思います。
ありがとうございました。