clwファイルの削除は試してみましたか？

// NewClass.h
class CNewClass : public CWnd {

//{{AFX_VIRTUAL(CNewClass)
//}}AFX_VIRTUAL

//{{AFX_MSG(CNewClass)
//}}AFX_MSG

DECLARE_MESSAGE_MAP()
};

// NewClass.cpp
#include StdAfx.h
#include NewClass.h

BEGIN_MESSAGE_MAP(CNewClass, CWnd)
//{{AFX_MSG_MAP(CNewClass)
//}}AFX_MSG_MAP
END_MESSAGE_MAP()

↑のようなクラスを作った後で、
（新しいファイルは「プロジェクトに追加」しておく）
プロジェクトフォルダ内のclwファイルを一旦削除し、
その後クラスウィザードを開くと「再構築しますか云々」と聞かれるので
指示に従っていくと、CNewClassがMFCクラスとして認識されるようになります。

nさん、先日はありがとうございました。

nさんの指摘していただいたように行ってみると
無事、メッセージハンドラを追加することができるようになりました！

とても単純なミスでヘッダーの

//{{AFX_MSG(CNewClass)
//}}AFX_MSG

の部分をソースのと同じ

//{{AFX_MSG_MAP(CNewClass)
//}}AFX_MSG_MAP

と書いていました。申し訳ありません。
CNewClassクラス用のソースを書いて頂くなど
今、思えばだいぶお手数をおかけしたような気がしますが、
このコードのお陰で原因を見つけることができました。

いつも、月並みなお返事になってしまいますが、
今回も本当に助かりました。
ありがとうございました！