追記

未だにMicrosoft Visual C++ 2005では透過がうまくいきませんが、
VC++6.0(Enterprise Edition)とMicrosoft Visual C++ 2005で試した
単純なラジオボタンの透過処理をMicrosoft Visual C++ .NET2003でも
同様に処理を書いて試してみました。

実行した結果、ラジオボタンの透過が上手くいきました。

手元にVc6と2005があったので単純なラジオボタンの
透過処理をやってみたらできましたよ。

１．ダイアログアプリ作成
２．ピクチャ四角形背景白にラジオボタンのっける
３．CButtonのサブクラス作ってラジオにくっつける
４．CtlColorでNULLブラシ返す

環境は同じく
Microsoft WindowsXP（SP2）
Microsoft Visual C++ 6.0
Microsoft Visual C++ 2005
　　ダイアログベースアプリケーション(MFC)
です。

シロートさん回答ありがとうございます。

いつも回答いただくときに自分の理解力の無さで返信するのが遅くなります。

> ３．CButtonのサブクラス作ってラジオにくっつける

　この部分がよくわからなかったのですが、
　CButtonの派生クラスを作ってそのクラスにサブクラス化したラジオボタン
　を割り当てるということでよかったでしょうか？
　自分の解釈で以下のようにサブクラス化しました。

　　m_Radio1.SubclassDlgItem(IDC_RADIO1,this);
　　　↑　　　　　　　　　　　　　↑　　 ↑　
　　　１　　　　　　　　　　　　　２　　 ３　
１．CButtonの派生クラスの宣言
２．ダイアログに貼り付けているラジオボタンのID
３．ダイアログ自身
（１は　class CRadio : public CButton　で派生したCRadioです）

CButtonを派生したCRadioの.hファイルに
afx_msg HBRUSH CtlColor(CDC*,UINT);

.cppファイルに
BEGIN_MESSAGE_MAP(CRadio, CButton)
ON_WM_CTLCOLOR_REFLECT()
END_MESSAGE_MAP()

HBRUSH CRadio::CtlColor(CDC* pDC, UINT nCtlColor){
pDC->SetBkMode(TRANSPARENT);
return (HBRUSH)::GetStockObject(NULL_BRUSH);
}

としてVC++6.0とVC++2005の両方でそれぞれ実行してみましたが、
VC++6.0では透過処理が出来ていましたが、
VC++2005では透過しませんでした。

同じことをしてシロートさんの環境では透過できているのか、
もしくは、私のやり方がシロートさんのやり方と違っているのか
教えていただければ幸いです。

同じやり方のようです。
うっかりm_Radio1がCButtonになってるとか
IDC_RADIO1が別のコントロールのIDだったとかはないですよね？
それでないとしたらわかりません…

シロートさん何度もありがとうございます。

m_Radio1とIDC_RADIO1を再確認しましたが、間違いありませんでした。

今は試すための新規に作成したソースで、余分なコードや
コントロールは貼り付けていないので予想外なところの処理が
影響してることも考えにくいです。

VC++6.0と2003で透過出来るのに2005だけダメとは・・・
他にも同じような現象が出ている方がいたら教えていただければ幸いです。

自分なりに考えた一つの回避策としてラジオボタンになってくる箇所を
全て自分でDrawしてあげるようにしようかと思います。
（ラジオボタンの○枠とか、チェック時のマークとか全てDraw）

標準のコントロールを出来るだけ使いたかったのですが、現状こうするしか
方法が思いつきません。最初の質問と変わってきてしまっているのですが、
良い回避策を知っている方がいたら教えてもらえないでしょうか？

以上、宜しくお願いします。

テーマをクラシックスタイルにしてると問題が起こらないようです。
WindowsXPスタイルにしたら同じ現象が起こりました。
テーマがらみの問題かな…どこかで見た気がしますがど忘れした…

シロートさん回答ありがとうございます。

こちらでもテーマをクラシックスタイルにして実行してみたところ
透過処理がうまくいきました。

しかし、実行する環境を全てクラシックスタイルにするというのは
今のところ不可能らしいです。
テーマ絡みのようなので、VC++のコード以外（VSなどの関連ファイル？）
でも何か回避出来る方法がないか調べてみようと思います。

これだけに時間も取れず中々調査が進みませんが、
分ったことがあれば逐次書き込んでいこうと思います。

また、これらの情報を知っている方がいましたら教えてもらえないでしょうか？

以上、宜しくお願いします。

SetWindowThemeでコントロール個別に設定できるみたいですよ。
見た目が変わってしまいますけど。

シロートさんありがとうございます。

教えていただいた関数を使用して以下のようにすることで
クラシックスタイルとXPスタイルに切り替えることができました。

クラシックスタイル
::SetWindowTheme(m_Radio1.m_hWnd, TEXT ( ), TEXT ( ));

ＸＰスタイル
::SetWindowTheme(m_Radio1.m_hWnd, NULL, NULL);

これで解決チェックを付けさせていただきます。

ただ、気になるのがＸＰスタイルで透過は不可能なのかどうかです。
上記の処理で回避できましたが、今後どうなるか分からないので
引き続き時間があれば調べてみようと思います。