カーソルを非表示にしたいウインドウに対してAttachThreadInputで
スレッドにアタッチしておき、その状態でShowCursorを呼び出してみては
どうでしょうか。

WM_TIMERをつかっているのであれば、ひたすら力技かもしれません。
アプリ側からの制御が入っても良いように一定時間毎に非表示にしているのかも
しれません。
ほんとに力業になりますけれど。

あと、邪魔にならないなら完全に隠す事にこだわらなくても良いかなとも
思います。左だとカーソルがドンと出てきますけれど、右なら殆ど見えませんし。

まあ、この辺は個人差もあると思います。
私の場合、動画の上にカーソルが載っていても気にならないときは気になりませんし。

...さん、subaruさん、ＰＡＴＩＯさん、ご意見ありがとうございます。
>...さん
>透過ファイルを使ったマウスカーソル非表示
この方法については、一番最初の書き込みの
>自作したカーソルの無いカーソルを設定する方法
で実践しましたが、他のウィンドウのカーソルに適用することは出来ませんでした。

>subaruさん
>カーソルを非表示にしたいウインドウに対してAttachThreadInputで
>スレッドにアタッチしておき、その状態でShowCursorを呼び出してみては
>どうでしょうか。
ありがとうございます。おっしゃったAttachThreadInputを使い、
ShowCursorでカーソルを非表示にすることが出来ました。

>ＰＡＴＩＯさん
subaruさんの方法で非表示にすることが出来ましたが、
アプリ側から制御を行っているみたいでして、非表示にしても
すぐに表示されてしまうことが頻繁に発生します。
(マウスイベント類が発生するとSetCursorを行っているみたいです)
ですから、
>一定時間毎に非表示にしているのかもしれません。
をする必要があるみたいです。

まだまだツールの機能としては不備が多く完成度はまだまだ低いですが、
subaruさんから教えていただいたAttachThreadInputを行うことで
他のウィンドウのカーソルを非表示にすることが出来ました。
これからもこのツールの機能を高めて、より汎用的なツールになるように
開発を続けていこうと思っています。
書き込んでいただいた皆様、お忙しい中本当にありがとうございました。