CreateFile，WriteFileはWindowsのAPI、
fopen，fread，fwriteは標準Cライブラリの関数
です。
この２つは、全く関係ないものなので、
CreateFileでファイルを開いたならWriteFile等を
fopenで開いたならfwrite等を
使うべきでしょう。
実際には，fopen，fread，fwriteも内部でWindowsAPIを呼んでいるはずなので、
混在も無理やりにはできるのでしょうが。

そのソースの作成者がどのように考えて、２つを使い分けたのか正確には分かりませんが、
＞ＭＯディスクへコピーするときは約500KBコピー
するには、標準ライブラリより、細かい挙動が定義されているWindowsAPIを使ったのだと
思われます。

CreateFileのファイル名の指定はデバイス名ですか？
もし、そうであれば・・・

(1)CreateFile(MOデバイス)
使用するデバイス指定

(2)fopen(コピー元ファイル名)
コピー元ファイルオープン

(3)fread(コピー元ファイル名)
コピー元データ読み取り

(4)WriteFile(MOデバイス)
デバイスへ書き込み

というプログラムになってるのかな？って思いますが。

デバイスへのアクセスは、CreateFile/WriteFile/ReadFile・・・
ファイルへのアクセスは、fopen/fread/fwrite・・・
と使い分けているだけだと思います。

デバイスの書き込みは、WriteFileで可能ですが、fwriteではほぼ不可能です。
ただしfwriteで可能なことは、WriteFileでは、ほぼ可能です。

回答ありがとうございます。

WriteFileにてデバイスへの書き込みではなく、ファイルへの書き込みでした。

やりたいことは数百MBのバイナリファイルをＭＯドライブに分割して保存することで
す。
　WindowsAPIについて調べてみます。