この件についてはあまり詳しくはないのですが、
CreateProcessWithLogonW()を使用して起動したアプリケーションには
WM_QUERYENDSESSION, WM_ENDSESSION, WM_QUIT は来ないそうです。

(参考) http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms682431(VS.85).aspx

う～ん、使えませんねぇ。

シャットダウンがらみもなんか変わっているそうです。
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/bb394721(VS.85).aspx
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms700677(VS.85).aspx

仲澤＠失業者さん、回答ありがとうございます。

教えていただいたサイトを確認してみました。
WM_QUERYENDSESSIONが受信できないと言う事書き込みですが、これはMSの公式情報ではな
いと言う認識で間違いないでしょうか。

質問後、こちらでいろいろ試してみました。
WM_DEVICECHANGEやWM_MOUSEMOVEはちゃんと受信出来る事を確認しました。

またVistaは今環境がないので試せていませんが、Win7で同じプログラムを実行したとこ
ろ、こちらではWM_QUERYENDSESSIONが受信できました。
XPのバグなのでしょうか。。。

Vista以降でシャットダウン処理の仕様が変わっている情報もありがとうございました。
Vistaを飛ばして、Win7対応も行わなければならないので気をつけておきます。

もう少し、調査を継続したいと思います。
他に何かご存知の方がいらっしゃったら、引き続き回答をお願い致します。

>WM_QUERYENDSESSIONが受信できないと言う事書き込みですが、これはMSの公式情報では
な
>いと言う認識で間違いないでしょうか。

その通りです。
SYSTEM権限でCreateProcess()だとOKという書き込みも
どこかで読みましたが、さだかではありません。
Windows7は起動時の権限設定が(手動／自動?)できるらしいので
むしろ問題は発生しづらいのかもしれません。
・・Win7は持ってないので確かめられません(vv;)

おはようございます。
昨日も一日いろいろ試してみました。

Win7の時は問題の現象は発生しないと思っていたのですが、勘違いしていたようで、XPの
時と同様、APP2でWM_QUERYENDSESSIONは受信できていませんでした。

わかった事の1つにAPP1ではWM_QUERYENDSESSIONが受信できる事が確認できたので(これは
当たり前のことですが)、APP1を常駐する形にして、APP1で受信したWM_QUERYENDSESSION
をAPP2にメッセージをリレーすることで解決することにしました。。

とりあえず解決済みとさせていただきます。

仲澤＠失業者さん、回答ありがとうございました。