仰る「処理命令」というのが具合的に何なのかよくわかりませんが、
SendMessageToDescendants()が送れるのは、あくまでメッセージです。
子ウィンドウの背景色を変えたいのであるなら、親と位置付けられるウィンドウが
子ウィンドウに対して任意のメッセージを送り、
それを受け取った子ウィンドウが自身の背景色を変える、という手段を取るべきではないでしょうか？？

状況にもよりますが、親が直々に子を操作することはあまりしない方がいいと思います。

これは背景色を全て同じにしたいでいいの？
処理の実装の仕方によりいろいろだと思うよ

たとえば、メモリDCからWM_PAINTでBitBltしている場合
新しい背景色を考慮してメモリDCを作り直して自分自身にInvalidateRectを呼ぶような
WM_USER+???を作り、対象の全てのウィンドウにWM_USER+???をSendするような
仕組みにするのではないかと思います

WM_ERASEBKGNDに処理させるなら
新しい背景色を考慮してブラシをアプリで1つ作り
Viewのウィンドウクラスに対して作成したブラシで置き換え(SetClassLong/GCL_HBRBACKGROUND)
対象のウィンドウ(全てのViewでしょう)にInvalidateRectを発行すれば良いのではないかと思います

WM_ERASEBKGNDを実装している場合は何らかの変数に背景用のブラシを保持して
FillRectなんかをしているのではないかと思うので
ブラシを作成して背景用のブラシを保持している所
(ポインタで見ているなら一カ所/メンバ変数なら全てのViewでしょう)に設定し
対象のウィンドウ(全てのViewでしょう)にInvalidateRectを発行すれば良いのではないかと思います

他にも方法はあるので、もっと良く考えた方が良いかも
実装の仕方や実際に何をやりたいかによって変わると思います
ちなみに、SendMessageToDescendantsは使ったことが無いし
上記の方法は確認してないので正しいかどうかは不明です（＾＾；