すみません。
開発環境の追加でＭＦＣでプログラミングしています。

その2つのBMPはプログラム中でどのように保持しているのですか？

ｎさん返信ありがとうございます。

メニューからＡ画像指定、Ｂ画像指定として各画像をメニューのファイルを開くから読
み込めるようになっています。格納の仕方は、各ピクセル値を読み込んでＡ画像とＢ画
像それぞれの格納先を作っておき、実行時に指定されたらそこへ格納されるようになっ
ています。そして表示ボタンを押すとＡ画像とＢ画像を並べて2枚表示し、その下にＣ画
像として処理後の画像が表示されるようになっています。そのＣ画像だけを保存したい
のです。

よろしくお願いします。

それぞれの格納方法は具体的にわかりませんか？

// CHosei01Doc シリアライゼーション

void CHosei01Doc::Serialize(CArchive& ar)
{
DWORD dwDummy;
　　　WORD wDummy;
int i,j,k;
int nTuika,nHasuu;

if (ar.IsStoring())
{
// TODO: この位置に保存用のコードを追加してください。
}
else
{
// TODO: この位置に読み込み用のコードを追加してください。

nHasuu=lWidth*3 % 4; //4バイトの倍数に対する端数を計算する
if(nHasuu!=0) nTuika=4-nHasuu; //端数があれば、追加すべきバイ
トを求める
else nTuika=0;

for(i=0;i<13;i++)
ar>>dwDummy;
ar>>wDummy;

k=bImageType;
for(j=239;j>=0;j--) //上下を逆にする
for(i=0;i<320;i++)
　　　　ar>>bBlue[k][i][j]>>bGreen[k][i][j]>>bRed[k][i][j];

}
}

//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////

// CHosei01Doc コマンド

void CHosei01Doc::OnMenuImageA()
{
// TODO: この位置にコマンド ハンドラ用のコードを追加してください
bImageType=0;
}

void CHosei01Doc::OnMenuImageB()
{
// TODO: この位置にコマンド ハンドラ用のコードを追加してください
bImageType=1;
}

ソースをのせてみましたが、お分かりいただけるでしょうか？
bimageTypeに０か１が入ることでＡかＢかを切り替えています。
そして格納は主に上側のDoc.cppで行っています。

C画像はどのように保持されていますか？

Ａ画像とＢ画像の減算した結果を表示しているだけなので、どこかへ格納ということは
していません。

bBlue,bGreen,bRedはそれぞれどのように宣言されていますか？

void CHosei01View::OnMenuHyouji(CCmdUI* pCmdUI)
{
unsigned char r0,r1,r2,g0,g1,g2,b0,b1,b2;

　　　　　　　　for(j=0;j<240;j++)
for(i=0;i<320;i++){
r0=pDoc->bRed[0][i][j];
g0=pDoc->bGreen[0][i][j];
b0=pDoc->bBlue[0][i][j];
pDC->SetPixel(x0+i,y0+j,RGB(r0,g0,b0)); //A
画像の表示

r1=pDoc->bRed[1][i][j];
g1=pDoc->bGreen[1][i][j];
b1=pDoc->bBlue[1][i][j];
pDC->SetPixel(x1+i,y0+j,RGB(r1,g1,b1)); //B
画像の表示

r2=fabs(r1-r0);
g2=fabs(g1-g0);
b2=fabs(b1-b0);

　　　　　　　　　　　　　　　　　　pDC->SetPixel(x1+i,y0+j,RGB(r2,g2,b2)); //C
画像の表示
}

といった感じです。

いや、どう使われているかではなくどう宣言されているかなんだけど。

「unsigned char bBlue[2][320][240];」かな？

すみません。

unsigned char bRed[2][512][512];
unsigned char bGreen[2][512][512];
unsigned char bBlue[2][512][512];

です。

ではまず、
bBlue,bGreen,bRedを宣言しているのと同じ場所に、

BYTE header[13*sizeof(DWORD)+sizeof(WORD)];

と宣言して下さい。
次にCHosei01Doc::Serialize()の

for(i=0;i<13;i++)
ar>>dwDummy;
ar>>wDummy;

を、

for(i=0;i<sizeof(header)/sizeof(BYTE);i++)
ar>>header[i];

と変えて下さい。
で次にSerialize()のif(ar.IsStoring()){}の{}の間に、

for(i=0;i<sizeof(header)/sizeof(BYTE);i++)
ar<<header[i];

for(j=0;j<240;j++){
for(i=0;i<320;i++){
ar<<fabs(pDoc->bBlue[1][i][j]-pDoc->bBlue[0][i][j]);
ar<<fabs(pDoc->bGreen[1][i][j]-pDoc->bGreen[0][i][j]);
ar<<fabs(pDoc->bRed[1][i][j]-pDoc->bRed[0][i][j]);
}
}

を入れて下さい。
とりあえずこれで全領域がファイルに保存されるか確かめてみて下さい。

ちょっと間違い。
最後のfor文のところを修正します。

for(j=0;j<240;j++){
for(i=0;i<320;i++){
unsigned char b=fabs(pDoc->bBlue[1][i][j]-pDoc->bBlue[0][i][j]);
unsigned char g=fabs(pDoc->bGreen[1][i][j]-pDoc->bGreen[0][i][j]);
unsigned char r=fabs(pDoc->bRed[1][i][j]-pDoc->bRed[0][i][j]);
ar<<b<<g<<r;
}
}

pDocが定義されていないというエラーが出たのですが、定義はどう書けばいいのでしょ
うか？