> プロジェクトを発生したPCにコピーしてもブレークポイントの設定はできません。
・・・日本語がわからん・・・

とりあえず再インストールした、んだよね？ ServicePack6 は当てた？

> VC++6.0　WinXP SP2にて新規にプロジェクトを作成し、デバックモードでブレークポイ
> ントを設定し、実行したところ

これをもっと正確に書けますか?
私が全く同じところにブレークポイントを設定できるように。

「プロジェクトを発生」はプロジェクト作成の間違い。
ServicePackは４です。（アセンブラーでの開発のため)

手順を書きますと
１．新規でMFC　AppWizard(EXE)を指定し、Dialogモードでプロジェクトを作成
２．その他の設定はデフォルトのまま。
３．Debugモードでビルドを行い、OnInitDialog()内にSetIcon部にブレークポイントを
　　設定
４．F5で実行すると表題のメッセージが表示し、
　　　AFXAPI AfxWinMain(HINSTANCE hInstance, HINSTANCE hPrevInstance,
LPTSTR lpCmdLine, int nCmdShow);
　　　で停止。

以上のような経過です。

その再現手順でウチでは現象が生じない (XP/SP3+VC++6/SP6) よん。

ぜんぜん答えになっていないのだが
VC++6 自体は既に Microsoft のサポートが打ち切られて久しい
VC++6 自体のXP上での動作保証が無い (ウチでも使っているが不具合あり)
当該現象が起こるのは1台だけ

ということであれば
*そもそもサポートが既に打ち切られている古いソフトの不具合の原因追求などに
*時間をかけている暇があったら当該PCのOSをクリーンインストールしちゃえ
と言い切っちゃう。4時間もあればXPインストール＋SP3 あて完了だ。
掲示板の返答を待っているより迅速に事が進みそうな気のせいがする。
# OS のクリーンインストールでも現象再現であれば、そんなマシン捨てちゃえ

私のところでも現象発生せず (XP/SP2 + VC++6/SP6)

どうしてもその環境で開発をする必要があるならば、
ブレークポイントは止まらないことがあるという前提でデバッグするしかないですね。
tetrapodさんも書いているようにサポート切れだし、
サービスパックすら最新のものを当てられないなら。

ブレークポイント以外のデバッグ機能も疑う必要が出てくるかもしれないし、
自分のプログラムに原因不明の不具合があった場合、
VCのデバッグ以外の機能の不具合によるかもしれません。

過去の経験ですが

VC6にはプロジェクトのフルパスに
・機種依存文字やら日本語が多くまじってる
・かなり長い
あたりが組み合わさる（細かい条件は調べたことない）と
ブレークできないことがあります

ログインしてるユーザー名がこれにひっかかるようなものだと危険です
たとえばデスクトップ上で作業してると、
再インストールしようが、他のPCからもってこようがこれにひっかかります

　ん－！、VC6.0だと設定できないブレークポイント
はあってもおかしくないんじゃないかなと思います。
　設定できないってエラーになって戻ってくればしめたもので、
特にスレッドルーチンなんか暴走してしまい、強制終了+再起動何って
言うのもおかしくないです。
今までブレークポイントつけたところを「カーソル行も前まで実行」で1つ1つ
止めてみて止まらないポイントをチェックするのも必要ですね。
VC2008ExpressはSDKが付属しているようなんでアセンブラも付属してるのでは
ないかと思いますがどうでしょうか？（存知の方お願いします。）
試してみたらいいと思います。
VC6.0よりましだと思います。

フォルダー名を日本語を使用しないで、英字にしたところ現象は解決しました。
「ｒｉｎさんの言うとりかも知れません。」
過去に日本語でフォルダーを設定しても、でもできる場合があるのですが？