他のフォルダにあるやつも試してみてはいかがでしょう。

検索では以下の場所にファイルがあったのですが、
どれを指定してもエラーが表示されてしまいました。
Microsoft Visual Studio 9.0\VC\ce\atlmfc\lib\mipsiv
Microsoft Visual Studio 9.0\VC\ce\atlmfc\lib\sh4
Microsoft Visual Studio 9.0\VC\ce\atlmfc\lib\mipsii_fp
Microsoft Visual Studio 9.0\VC\ce\atlmfc\lib\mipsiv_fp
Microsoft Visual Studio 9.0\VC\ce\atlmfc\lib\x86
Microsoft Visual Studio 9.0\VC\ce\atlmfc\lib\armv4i
Microsoft Visual Studio 9.0\VC\ce\atlmfc\lib\mipsii
Microsoft Visual Studio 9.0\VC\ce\atlmfc\lib\armv4
Microsoft Visual Studio 9.0\VC\atlmfc\lib

64bit のアプリケーションに適した開発環境かどうかが分かりません
１．プロセッサー（ＣＰＵ）が 64bit 開発に適したものかどうか不明
２．ＯＳが 64bit 開発に適したものかが不明

>module machine type 'X86' conflicts with target machine type 'x64'

というエラー？メッセージは x64 用のコードが必要なのに
A. 使おうとしているモジュールの方が x86 のコードなので
B. ビルド環境（ＯＳ，ＣＰＵも含めた）が x86 なので
なんか違ってませんかと言っているように読めませんか？

>どれを指定してもエラーが表示されてしまいました。
>Microsoft Visual Studio 9.0\VC\ce\atlmfc\lib\mipsiv
>Microsoft Visual Studio 9.0\VC\ce\atlmfc\lib\sh4
>Microsoft Visual Studio 9.0\VC\ce\atlmfc\lib\mipsii_fp
>Microsoft Visual Studio 9.0\VC\ce\atlmfc\lib\mipsiv_fp
>Microsoft Visual Studio 9.0\VC\ce\atlmfc\lib\x86
>Microsoft Visual Studio 9.0\VC\ce\atlmfc\lib\armv4i
>Microsoft Visual Studio 9.0\VC\ce\atlmfc\lib\mipsii
>Microsoft Visual Studio 9.0\VC\ce\atlmfc\lib\armv4

ce なんか選んでも駄目でしょう。（これらのパスの最後は Windows CE の
サポートしているＣＰＵを示しています）

>というエラー？メッセージは x64 用のコードが必要なのに
>A. 使おうとしているモジュールの方が x86 のコードなので
>B. ビルド環境（ＯＳ，ＣＰＵも含めた）が x86 なので
>なんか違ってませんかと言っているように読めませんか？

x64のフォルダが無いのでメッセージの意味を知ってる上で駄目もとで試しました。

atl の　新規作成したプロジェクトをビルドしただけで　atlsd.lib　が
開けないといわれてしまうので何が悪いのかわかりません。

こちらの環境 (Visual Studio 2008 Professional SP1)では、x64版atlsd.libは

(ほにゃらら)\Microsoft Visual Studio 9.0\VC\atlmfc\lib\amd64

にありました。「x64」ではなく「amd64」なのでご注意を。ちなみに、これは
別配布のSDKではなく、Visual Studio一式のインストーラに含まれています。
ただし、インストール時に規定を選ぶと上記のフォルダとその内容は
インストールされません。全てのインストールを選択するのがお勧めです。

ところで、今、MSDNサブスクライバダウンロードを覗いてみたら、

Visual Studio 2008 Professional Edition (x86)

と

Visual Studio 2008 Service Pack 1 (x86, x64 WoW)

がバラで置かれていました。
名前から考えると、これらを使った場合、SP1を当てるまではそもそもx64開発が
できないのかもしれません。
以前はx86, x64同梱版(ただしSP未適用)もあったと思いますが……
というか、なければ手元にある同梱版ISOイメージの説明が付かない(^^;

>「x64」ではなく「amd64」なのでご注意を。
「ia64」もあるのかも知れませんね。

> 名前から考えると、これらを使った場合、SP1を当てるまではそもそもx64開発が
> できないのかもしれません。
それは、ありえると思います。
最新のSDKをダウンロードしてSDKのみで開発するか、
SP1をインストールして最新の「Visual Studio 2008」にする必要があると思います。

いろいろ情報ありがとうございます。
ようやくx64形式でビルドできるようになりました。

VisualStudio2008のインストール時に、デフォルトの設定だと
x64用のatl関連のファイルがインストールされないことがわかりました。

VisualStudio2008のすべてをインストールする設定でインストールしたら
ファイルがインストールされました。

ご迷惑をおかけいたしました。
質問に答えてくださった方ありがとうございました。