HMENU hMenu = pMenu->GetSafeHmenu();
　が質問で抜けてました。
　m_ToolBar.SetBarStyle( m_ToolBar.GetBarStyle() | CBRS_TOOLTIPS | CBRS_FLYBY );
　が質問でrToolBarに打ち間違えました。
　バースタイルは、CreateExでツールバー作成時にも行ってみましたが、同じ症状でし
た。

差支えなければ、DLLを「拡張DLL」で作ってみましょう。
EXEとDLLとでリソースを共有できるようになるので、
AfxSetResourceHandle()でインスタンスハンドルを差し替える
必要がなくなります。

EXE側でリソースやコマンドのIDだけ定義しておいて、
DLL側でそのIDを使ってリソースやコマンドを作れば良いです。

Kerryさん、ありがとございます。ためしてみます。

ん～。拡張DLLを作成してみました。
CWinApp派生のオブジェクトがなくなるのですね；
そのクラスでかなりExeとDLLでやりとりしていたので、
実験するのに、すこしかかります。
あと、コマンドの大半がプラグイン形式なので、
プラグインもかなり作っていたので、大幅な変更で、かなり、かかりそうです。
ツールバーだけを実現する方が簡単なようであれば、そちらで実現したいのです。
平行して、拡張DLLで実現も模索してみますが、
ツールバーの問題を直接解決する方法があれば、よろしくおねがいします。

拡張DLLで実験してみました。
ステータスバーにプロンプトが表示されるようになりました。
ツールチップはでませんでした。
イベントがハンドリングできなくなりました。
DLL側でしか、ハンドリングできないのでしょうか？
ちなみに、ハンドリングはドキュメントで、
ON_COMMAND_RANGEとON_COMMAND_UPDATE_UI_RANGEを使用して行っています。

最初の質問のツールバーの動的に生成する手法での実現方法もよろしくお願いします。

コマンドをプラグイン形式で、動的に登録していきたいので、
ツールバーボタンＩＤなどは、
バッティングしないように後から変更したいのですが、
拡張ＤＬＬでは、そういった問題も発生しないのでしょうか？
逆に、ＩＤを変更する必要がある場合は、
ＩＤ自体の変更は、m_ToolBar.SetButtons( puiArrayID, nButtons );
で可能なようなのですが、その場合でも、
イベントハンドリングやUPDATE_UIやツールチップや
ステータスバーに表示するプロンプトなどは実現可能でしょうか？

問題が一度に沢山出過ぎなので、全部一気に解決するのは困難です。
とりあえず整理して一つずつ解決していきましょうか。

まず、最初の拡張DLLを使わない方法(共有DLL)でのツールチップ
およびステータス文字列の問題ですが、これは、フレームワークが
ツールチップ文字列やステータス文字列を取得するときに、リソースの
インスタンスハンドルを切り替えていないのが原因かと思われます。

ツールチップ文字列とステータス文字列の取得は、それぞれ
CFrameWnd::OnToolTipText()とCFrameWnd::GetMessageString()で
行っていますので、これをオーバーライドして、コマンドIDが
プラグインコマンドのものであれば、リソースハンドルをDLLに
差し替えるようにしましょう。

以下、SDIの場合の例です。

class CMainFrame : public CFrameWnd
{
public:
afx_msg BOOL OnToolTipText(UINT nID, NMHDR* pNMHDR, LRESULT* pResult);
virtual void GetMessageString(UINT nID, CString& rMessage) const;
};

BEGIN_MESSAGE_MAP(CMainFrame, CFrameWnd)
ON_NOTIFY_EX_RANGE(TTN_NEEDTEXTW, 0, 0xFFFF, OnToolTipText)
ON_NOTIFY_EX_RANGE(TTN_NEEDTEXTA, 0, 0xFFFF, OnToolTipText)
END_MESSAGE_MAP()

BOOL CMainFrame::OnToolTipText(UINT nID, NMHDR* pNMHDR, LRESULT* pResult)
{
HINSTANCE hinst;

if (pNMHDR->idFrom >= ID_PLUGIN_COMMAND_FIRST &&
pNMHDR->idFrom <= ID_PLUGIN_COMMAND_LAST)
{
hinst = AfxGetResourceHandle();
AfxSetResourceHandle(プラグインのHINSTANCE);
}

BOOL result = CFrameWnd::OnToolTipText(nID, pNMHDR, pResult);

if (pNMHDR->idFrom >= ID_PLUGIN_COMMAND_FIRST &&
pNMHDR->idFrom <= ID_PLUGIN_COMMAND_LAST)
{
AfxSetResourceHandle(hinst);
}

return result;
}

void CMainFrame::GetMessageString(UINT nID, CString& rMessage) const
{
HINSTANCE hinst;

if (nID >= ID_PLUGIN_COMMAND_FIRST &&
nID <= ID_PLUGIN_COMMAND_LAST)
{
hinst = AfxGetResourceHandle();
AfxSetResourceHandle(プラグインのHINSTANCE);
}

CFrameWnd::GetMessageString(nID, rMessage);

if (nID >= ID_PLUGIN_COMMAND_FIRST &&
nID <= ID_PLUGIN_COMMAND_LAST)
{
AfxSetResourceHandle(hinst);
}
}

ありがとございます。
こんな関数があったのですか。
実装してみます。

おせわになっております。
メニューはステータスバーの表示も
プラグインコマンドの起動も正常にできました。
ただ、ツールバーでは、コマンドの起動はできましたが、
ツールチップもステータスバーの表示もされませんでした。
メニューでは、GetMessageStringに入ってきますが、
ツールバーでは、GetMessageStringにもOnToolTipTextにも入ってきません。
コマンドは起動できるので、
ツールバーでもメニューからでも、ON_COMMAND_EX_RANGEには入ってきますが、
ツールバーでは、ON_UPDATE_COMMAND_UI_RANGEに入ってきません。メニューからは
ON_UPDATE_COMMAND_UI_RANGEにも入ってきます。

ツールバーの部分のコードは、以下のようになっています。

pToolBar->CreateEx(this,TBSTYLE_FLAT,WS_VISIBLE|CBRS_TOOLTIPS|CBRS_FLYBY );
pToolBar->LoadToolBar( プラグイン側ツールバーＩＤ );
int nButtons = pToolBar->GetCount();
if ( nButtons > 0 ) {
　UINT *puiArray = new UINT[nButtons];
　for ( int i = 0; i < nButtons; i ++ ) {
　　UINT　nIDonDLL = 0;
　　UINT　nStyle = 0;
　　int　nImage = 0;
　　//　オリジナルのボタンIDを取得
　　pToolBar->GetButtonInfo( i, nIDonDLL, nStyle, nImage );
　　//　新しいボタンIDを登録
　　if ( ID_SEPARATOR == nIDonDLL ) {
　　　puiArray[i] = ID_SEPARATOR;　//　セパレータの場合
　　} else if ( nIDonDLL > 0 ) {
　　　int　nID_mapped = 0;
　　　puiArray[i] = 本体側ツールバーボタンＩＤ;
　　} else {
　　　ASSERT(0);
　　　return;
　　};
　　//　新しいボタンIDの登録
　　pToolBar->SetButtons( puiArray, nButtons );
　　delete　[]puiArray;
};
//　リバーに追加
m_wndReBar.AddBar( pToolBar );
//　スタイル設定
pToolBar->SetBarStyle( pToolBar->GetBarStyle() | CBRS_TOOLTIPS | CBRS_FLYBY );
//　ツールバー表示
ShowControlBar( pToolBar, TRUE, FALSE );

デバッグしてみて、「プラグイン側ツールバーＩＤ」「本体側ツールバーボタンＩＤ」
は、正常に設定されています。特に不正な動きはしていないように思えました。
「本体側ツールバーボタンＩＤ」はメニューで設定したコマンドのＩＤと同じものです。
テスト用プラグインでは、ツールバーボタンは単純に１つだけ設定しています。
おてすうをおかけしますが、よろしくおねがいいたします。

おせわになります。

テスト的にツールバーボタンＩＤを本体側のＩＤとあらかじめ一緒にしておいて、
ボタンＩＤを変更しない状態でテストしてみました。
他の本体リソースを使ったツールバーとコードは同じになりましたが、
症状は同じで、ツールバーから、コマンド起動のみできる状態でした。
ちなみに、ツールバーボタンを押したときも、GetMessageStringには入ってきませんでし
た。

以下は、試してみたコードです。

pToolBar->CreateEx(this,TBSTYLE_FLAT,WS_VISIBLE|CBRS_TOOLTIPS|CBRS_FLYBY );
pToolBar->LoadToolBar( プラグイン側ツールバーＩＤ );
//　リバーに追加
m_wndReBar.AddBar( pToolBar );
//　スタイル設定
pToolBar->SetBarStyle( pToolBar->GetBarStyle() | CBRS_TOOLTIPS | CBRS_FLYBY );
//　ツールバー表示
ShowControlBar( pToolBar, TRUE, FALSE );

よろしくおねがいします。

おせわになります。

ほぼ同じコードを拡張ＤＬＬでもテストしてみました。
拡張ＤＬＬのコマンドでは、
コマンド起動はできます。
ステータスバーにメッセージプロンプトは表示されます。
COMMAND_UIにも入り、SetCheckすることができました。
ただ、ツールチップは表示されませんでした。

よろしくおながいいたします。

おせわになっています。

さらにじっけんしてみました。
AppWizardで吐き出しただけのExeと拡張DLLをつくってためしてみました。

DLL側リソースエディタで定義したツールバーを
EXE側でツールバーを作成して、
オリジナルのEXEとDLLインターフェイス周りをコピーして、
教えてもらった関数をオーバーライドおよびハンドリングしてみましたところ、
なんと！ステータスバーの表示・ON_COMMAND・ON_COMMAND_UI・ツールチップ表示と
全てうまく動いてます。

とゆうことですので、この質問は解決ということにいたします。
Kerryさんアドバイスありがとうございました。
みなさま、ありがとございました。

でも、これで、もんだいが更にやっかいやことに・・。むぎゅぅ～。;＿;