気にする必要はないと思いつつ私も気になる時があります。
次のような仕組みにして終了時に呼ぶのはいかがです？

class Hoge() {
static int *p;
public:
virtual ~Hoge() {
DeleteP();
}
static void DeleteP() {
delete p;
p = NULL;
}
};

たいちう様、アドバイスありがとうございます。

静的メンバ変数は以下のように std::string 型なので
std::string のデストラクタ以外は確保したメモリを解放
できないようになっています。
class Hoge {
static const std::string s;
};

MFC が _CrtDumpMemoryLeaks() ではなく
_CrtSetDbgFlag( _CRTDBG_LEAK_CHECK_DF ) を使っていれば
問題ないのですがわざわざ _CRTDBG_LEAK_CHECK_DF フラグを
消しているようです。

DLLが使うCRTは，DLLのものでないといけないのですか？
つまり，DLL内部のメモリを外部からfree/deleteしたり，その逆をしたり，のような処理
を必要としていますか？

必要としていないのであれば，デバッグ構成だけでもDLLが使うCRTを静的にリンクするも
のに変更してみてはどうでしょうか。

> 静的メンバ変数は以下のように std::string 型なので
> std::string のデストラクタ以外は確保したメモリを解放
> できないようになっています。

この仕様をどこまで変更してよいかによりますが、
次のようなことはできませんか？
intがstringに変わっただけですよ。

class Hoge {
public:
static const std::string * s;
Hoge() {
delete s;
s = new std::string(ここで初期化するとか);
}
virtual ~Hoge() { deleteS(); }
static void deleteS() { delete s; s = NULL; }
};

const std::string * Hoge::s(new std::string(ここで初期化してもいい));

YuO 様

なるほどと思ったのですが残念ながら DLL のヘッダーが標準ライブラリの
クラスに依存しているためアプリケーションと DLL が違う CRT の場合、
誤動作する可能性があります。
そのため boost のようにライブラリのファイル名を CRT などで分けています。

たいちう様

変更箇所が多いこととユーザから見た新しい API の追加が必要なので
この方法はちょっと影響が大きいと思っています。
また、クラスに不変条件が成立しなくなるメソッドがあると扱いが
難しくなるような気がします。