できないようですね。
どうしても色を付けたければ、↓のようなものを使っては?
http://www.codeguru.com/cpp/controls/controls/gridcontrol/
http://www.codeguru.com/cpp/controls/controls/gridcontrol/article.php/c2179/

追記。

MSFlexGridはかなり使いにくいです。
先のリンク先のものを使うか、参考にして自分の使いやすいものを作るか。

それなりの機能が使いたい場合の一番のお勧めは、
市販の高機能のグリッドを買うことです。
開発や試行錯誤に要する時間を考えると安上がりでしょう。

まだ寝ぼけているので質問の意味を勘違いしていなければ

for(int i=1;i<=5;i++) {
for(int j=1;j<=5;j++) {
m_grid.SetTextMatrix(i,j,A);
}
}

m_grid.SetCol(3);
m_grid.SetRow(3);
m_grid.SetCellForeColor(0xff);

m_grid.SetCol(3);
m_grid.SetRow(4);
m_grid.SetCellForeColor(0xff00ff);

あっ、できるんだ。
申し訳ない。間違ってました。

たいちうさん、とさん、回答ありがとうございます。

とさんのいうようなやり方はやってみましたが、どうもうまくいきません。
最後に色づけしたところだけが色づけされ、その後カレントセルがその色になってしまい
ます。
期待どおりに動作してくれない、というのが現状です。

ありがとうございました。

> 期待どおりに動作してくれない、というのが現状です。

とさんのサンプルのままでセルごとにフォントの色を変えられましたよ。
WinXP(SP2),VC++6で。自由に。
新しいプロジェクトで試しても期待はずれですか?

あれれ
--------------
|黒|黒|黒|黒|黒|
|黒|黒|赤|黒|黒|
|黒|黒|桃|黒|黒|
|黒|黒|黒|黒|黒|
|黒|黒|黒|黒|黒|
--------------
になりませんでした?

>その後カレントセルがその色になってしまいます。
とはSetCol,SetRowで指定したアクティブなセルの認識でよいですか?

どういう動作になってしまうのか想像しづらいので
可能であれば提示したサンプルに必要な処理を記述して
どんな動作になるかを教えていただけると回答しやすいです。
#再現できる簡単なものでいいです。

たいちうさん、とさん

表示する関数名が間違っていました。似たようなものが多いもので……
正しくSetCellForeColorに修正したらできるようになりました。

お騒がせしました。そしてありがとうございました。