自己解決です。

ExE側のダイアログで、終了ボタンの操作を

EndDialog(0);

にすればDLL側のメッセージボックスが
Exe側のダイアログが閉じても残っていることが分かりました。

お騒がせしました。

状況がよくわかりませんが、
メッセージボックスってＯＫ押されるまで、MessageBox関数が帰ってこないので他のことでき
ませんよね？別スレッドでメッセージボックスを出しているということでしょうか？
それと、ＥＸＥ側ってウィンドウを持っていますか？
たとえば、クローズボックスとかで終了させられたりしても、ShowWindow(SW_HIDE)で、ウィ
ンドウを隠して、別スレッド(かどうかわかりませんが）が終了するまで、実際には終了させな
いというのはどうでしょうか

あらｗ　書いている間に解決でしたね。おめでとうございます。

質問を
１．実行ファイルがあって、それがあるDLLを呼び出している。
２．そのDLLの中にはメッセージボックスを表示するロジックが入っている。
３．メッセージボックスを表示している間に実行ファイルが終了しても
　　メッセージボックスは残したい。
と解釈しました。

基本的にDLLって、
呼び出し元の親であるExeと同一プロセス内にロードされるので
バンヴィさんがExe側と呼んでいるプロセスが死んだら
当然終了してしまいます。

※ですので、仮に同一Exeの中にメッセージボックスが実装されてても同じことかな。

よくあるパターンでは、３の時点で実行ファイル側を終了する処理のときに
本当に終了するのではなく、非表示にしておく方法でしょうかね。

※当然、メッセージボックスを閉じたあとには、後始末として
　非表示にしたウィンドウの終了処理を行わなければなりませんが。

あらら、解決しちゃいましたか。

> EndDialog(0);
なのでMFCっぽいですが。

私の回答はららさんと似たような内容となりましたね。
※この質問の仕方では、こういう回答しか出来ないと思います。