たいした知恵はありませんが、気になった点を示します

>>pWnd->PostMessage( WM_LBUTTONDOWN);
>>　pWnd->PostMessage( WM_MOUSEWHEEL);

これでは CWnd::PostMessage() の第2引数、第3引数が既定値になっています
ところで何故（なぜ）、 Document/View の仕組みを使わないのでしょうか？

>>Invalidate();

CWnd::Invalidate() は再描画のための範囲指定をする（クライアント領域全体）だけ
なので再描画するかどうかは状況しだいです

Invalidate();
UpdateWindow();

または
RedrawWindow();
なら確実に再描画できると思います
ただし、CxxView::OnDraw() で回転や、拡大縮小の再描画をしている場合です
（提示されているソースには回転縮小拡大の部分がないので当てはまるかどうかは不明
ですが...）

し　さん、ご意見ありがとうございます。

ソースを見直したところ、ペイン同士が回転が同期していたのは回転に使われる変数が
グローバル変数のために同期していただけでした・・・。
また、RedrawWindow()としたところ、グローバル変数を使って同期するというお粗末な
ものですが、両ペインとも滑らかに動かせることが出来ました。

一応同期自体はできているのですが、後学のためにもPostMessageを使っての同期をさせ
たいです。
しばらく調べてみましたが、引き数に与えるパラメータをどう決めればいいのかわかり
ません。
ソースは以下になります。

void CTest4Viewb::OnLButtonDown(UINT nFlags, CPoint point)
{ m_ptMouse.x = point.x; // マウスポイント位置のX座標を始点にセット
m_ptMouse.y = point.y; // マウスポイント位置のY座標を始点にセット
m_bMouseFlug = TRUE; // マウスが押されている
Invalidate(FALSE);
　　　　CWnd* pWnd =((CMainFrame*)AfxGetMainWnd())->m_wndSplitter.GetPane(0,0);
　　　　pWnd->PostMessage( WM_LBUTTONDOWN);
　　　　pWnd->Invalidate(FALSE);
CView::OnLButtonDown(nFlags, point);
}

void CTest4Viewb::OnLButtonUp(UINT nFlags, CPoint point)
{
m_bMouseFlug = FALSE; // マウスが離されている
/* 回転の保存 */
eq[0] = tq[0];
eq[1] = tq[1];
eq[2] = tq[2];
eq[3] = tq[3];
CWnd* pWnd =((CMainFrame*)AfxGetMainWnd())->m_wndSplitter.GetPane(0,0);
pWnd->PostMessage( WM_LBUTTONUP);
pWnd->Invalidate(FALSE);
CView::OnLButtonUp(nFlags, point);
}

void CTest4Viewb::OnMouseMove(UINT nFlags, CPoint point)
{
if((nFlags & MK_LBUTTON) != 0){
if((nFlags & MK_SHIFT) == 0 && (nFlags & MK_CONTROL) == 0){
double dx, dy, a;
/* マウスポインタの位置のドラッグ開始位置からの変位 */
dx = (point.x - m_ptMouse.x) *sx*0.5;
dy = (point.y - m_ptMouse.y) *sy*0.5;
/* マウスポインタの位置のドラッグ開始位置からの距離 */
a = sqrt(dx * dx + dy * dy);
if (a != 0.0) {
/* マウスのドラッグに伴う回転のクォータニオン dq を求める */
double ar = a * SCALE * 0.5;
double as = sin(ar) / a;
double dq[4] = { cos(ar), dy * as, dx * as, 0.0 };
/* 回転の初期値 cq に dq を掛けて回転を合成 */
qmul(tq, dq, eq);
/* クォータニオンから回転の変換行列を求める */
qrot(rtb, tq);
　　　　　　　　　　　　}
　　　　　}
CWnd* pWnd =((CMainFrame*)AfxGetMainWnd())->m_wndSplitter.GetPane(0,0);
pWnd->PostMessage( WM_MOUSEMOVE,point.x,point.y);
pWnd->RedrawWindow();
RedrawWindow();
}
CView::OnMouseMove(nFlags, point);
}

BOOL CTest4Viewb::OnMouseWheel(UINT nFlags, short zDelta, CPoint pt)
{scaleb=scaleb-zDelta*0.0001f;
if(scaleb<0.0001f) scaleb=0.1f;
CWnd* pWnd =((CMainFrame*)AfxGetMainWnd())->m_wndSplitter.GetPane(0,0);
pWnd->PostMessage( WM_MOUSEWHEEL,zDelta,0);
Invalidate(FALSE);
pWnd->Invalidate(FALSE);
return CView::OnMouseWheel(nFlags, zDelta, pt);
}

更新がなめらか、更新がなめらかではないってどういうのかイメージできないので推測。

グローバル変数にしろ、別の方法にしろ
PostMessageとInvalidateは呼びだしたときにメッセージ処理が行われるわけではない。
非同期なので同期できるわけがない。

PostMessageは、メッセージキューの最後に追加し、
キューに貯めてあるメッセージを順番に処理する。
言い変えると
PostMessageを呼びだしたときは隣のペインのOnMouseMoveは実行されない。
自ペインからreturnした後に、キューに貯めてあるメッセージを順番に処理する。

Invalidateは、再描画が必要なリージョンを覚えておき、
メッセージキューに（WM_TIMER以外の）メッセージがなくなったらWM_PAINTを処理する。
言い変えると
Invalidateを続けて二度呼んでも、一つの更新リージョンに合成する。
メッセージキューにメッセージがなく更新リージョンがあればWM_PAINTを処理する。

>>　　　　pWnd->PostMessage( WM_LBUTTONDOWN);
>>pWnd->PostMessage( WM_LBUTTONUP);
>> pWnd->PostMessage( WM_MOUSEMOVE,point.x,point.y);
>>pWnd->PostMessage( WM_MOUSEWHEEL,zDelta,0);
WM_xxxx の次の引数、その次の引数についてそれぞれのメッセージ毎に調べましょう
wParam, lParam の構成方法についても学びましょう
それには、msdn のオンラインマニュアルか Google かでいいので調べてください

今のソースで
>>CWnd* pWnd =((CMainFrame*)AfxGetMainWnd())->m_wndSplitter.GetPane(0,0);
>> pWnd->PostMessage( WM_MOUSEMOVE,point.x,point.y);

で送ったメッセージがどう受け取れているか試しましたか？

ところで
>> http://kot9a.hp.infoseek.co.jp/ALICE9/extra/vcpp/vcpp_02.html
は私の環境では見えないのでどういう構成（ビューとペインとの関係）なのかが
分かりません
ですので、PostMessage() でビューで受け取ったのと同じメッセージをペインに
送ることが適切なのかどうか私には分かりません