一番簡単そうなのが、Timerの処理が終わるのをフラグで監視して

void CPA10_base_01Dlg::OnBnClickedTimeTest()
{
for(k=1;k<4;k++){
cpa.PA_MOVE(k);
m_flg = FALSE;
SetTimer(13,100,NULL); //タイマー13をセット（100msecごとに更新）
for(;;){
DoEvents();
if(m_flg == TRUE) break;
}
}
}

void CPA10_base_01Dlg::OnTimer()
{
//処理
m_flg = TRUE;
}

だと思われます。DoEventsについては
void CPA10_base_01Dlg::DoEvents()
{
MSG msg;
if (::PeekMessage(&msg, NULL, 0, 0, PM_REMOVE)) {
::TranslateMessage(&msg);
::DispatchMessage(&msg);
}
}

こんなの書いておけば大丈夫かも。

いまいち意図が理解できない。

> SetTimerで呼び出した関数の処理が終わるまで、次の処理に進みたくないのですがど
うす
という問いかけと、

以下のコードからすると、
> for(k=1;k<4;k++){
> cpa.PA_MOVE(k);
> SetTimer(13,100,NULL); //タイマー13をセット（100msecごとに更新）
> }

例えば、k=1 のとき cpa.PA_MOVE(1); を処理して、
次の k=2 における cpa.PA_MOVE(2); を処理するまでに、
100ms待ちたいと言う風に読めるのですが、

それなら、以下のコードでＯＫ
for(k=1;k<4;k++){
cpa.PA_MOVE(k);
Sleep(100);
}

でも、きっとそういう意味じゃないですよね？

> SetTimer(13,100,NULL); //タイマー13をセット（100msecごとに更新）
この「ごとに更新」が、
OnBnClickedTimeTest()にかかわらず、今後もずっと「ごとに更新」させていきたいのか

それとも
「動作したあと、100msecまってから、初期値に戻す処理」を4回やりたいが
Sleep(100）では、Sleep中に固まってるような動作になってしまうので
いったんタイマーを使うことでメッセージループを受け取れるようにしたかった

のか

後者であると仮定して、ざわざわさんとbunさんのを合わせ技してみる

void CPA10_base_01Dlg::OnBnClickedTimeTest()
{
for(k=1;k<4;k++){
cpa.PA_MOVE(k);

// forとSleepの組み合わせで100msec待つ間、メッセージがあったら処理する(始）
MSG msg;
for (int i = 0 ; i < 10 ; i++ ){
while (::PeekMessage(&msg, NULL, 0, 0, PM_REMOVE)) {
::TranslateMessage(&msg);
::DispatchMessage(&msg);
}
Sleep(10);
}
// forとSleepの組み合わせで100msec待つ間、メッセージがあったら処理する(終）

cpa.(初期値に戻す処理）;

}
}

WM_TIMERタイマーは使ってません

説明不足で申し訳ございません。

k=1 のとき cpa.PA_MOVE(1); を処理して、
次のk=2 における cpa.PA_MOVE(2); を処理するまでに、
SetTimerの処理？
　　　if(nIDEvent ==13){
　　　　　　　　　・・・
　　　　　　　　　　　 }
を何度か（一定回数ではない）行いたかったのですが、
cpa.PA_MOVE(1)の処理の後、おそらく「1回だけ」if(nIDEvent ==13){}の処理を行って次
のcpa.PA_MOVE(2)の処理を行ってしまうという状態でした。

フラグの方法も自分なりのやってみたのですがうまくいかず、最終的に以下の方法で解決
できました。

SetTimerで呼び出す処理内容をwhile(1)の中に記述
→処理終了条件をフラグで監視して、フラグが発行されたらif文でbreak

分かりづらかったら申し訳ございません。
回答ありがとうございました。

> SetTimerで呼び出す処理内容をwhile(1)の中に記述
> →処理終了条件をフラグで監視して、フラグが発行されたらif文でbreak
うーーん、
皆さんご指摘ないのですが、
　void CPA10_base_01Dlg::OnBnClickedTimeTest()
であまり多くの処理をするのはよくないと思います。
メインの処理はスレッドで行い、
　　OnBnClickedTimeTest()でスレッドを読み出すようにしたほうがいいと思います。

っていうより、WM_TIMERにこだわるのなら、
　　・K相当のメンバー変数を用意する。

・OnBnClickedTimeTest()でフラグをセットする。
　　・Ontimer()でフラグをチェックする。
　　・メンバー変数をインクルメントしながら
　　　　「for(k=1;k<4;k++){」内の処理を行なう
　　・メンバー変数が４になったら、
　　　　　メンバー変数リセット、フラグリセット
　　・でまたフラグ待ち
ではだめですか？

正確な時間がほしいのならマルチメディアタイマーにするといいですね。

あっと、

＞　　・K相当のメンバー変数を用意する。
この下に
　　　・SetTimer(13,100,NULL);
これですね