自己レスですが...すみません。

Setup.exeのインストール先フォルダをユーザーが選択できる設定があるのかは、
まだ勉強中ですが、
インストールした実行ファイルは、C:\Documents and Settings\....のかなりの下層に
見つけることができました。
隠しフォルダ内に設定されていたので、初めから検索で隠しフォルダも見るように
設定していたらよかったです(;;)

Setup.exeのインストールで、iniファイルを実行ファイルと同一フォルダに設置できるように
勉強します。

また、何かあったらよろしくお願いします。
では失礼致します。

> 右クリックしてもexeのリンク先の表示がされていません。
> *.exeをどこかに直に書き込むようなことはしないのでしょうか？

いいえ、exe は書き込まれています。
ただ、ショートカットがそのパスの情報を持っていないだけです。
では、どうやってリンク先を実行しているのかというと、パス文字列ではなく別の方法
で exe の場所を特定しているのです。

> Setup.exeのインストールで、iniファイルを実行ファイルと同一フォルダに設置
> できるように勉強します。

その ini にはプログラムから書き込みを行うのですか？
読み込み専用ならいいですが、書き込みも行う場合、かつ、exe を Program Files 以下
にインストールしようとしているのなら、exe と ini を同じフォルダに置くのは推奨し
ません。

aetos様
ご返信頂きありがとうございます。

> その ini にはプログラムから書き込みを行うのですか？

いいえ、読み込み専用で使用しています。
レジストリのフォルダを明記しておき、読み込むものです。
もしも、書き込むような時は、exeが動かなくなったりするような
不具合が起きる危険もありますか？

それと、exeファイルのあるディレクトリですが、
C:\Documents and Setting\ユーザ\Local Settings\Apps\2.0\..\..\..\
にありました。
そして、VS2008でiniのプロパティにて
ビルドアクション　　　　 →　コンテンツ
出力ディレクトリにコピー　→　新しい場合はコピーする
に設定し発行後にSetup.exeをインストールすると、iniも同一フォルダに配置することが
できました。

ですが、システム全体で見た場合に、今のままだとシステムが動かないので、
ご教授頂きたいのですが...

本来の構想は、c:\program files\A(仮dir)\に、exe も ini も保存したいのです。
他のシステムが c:\program files\A(仮dir)\exe にリンクするのです。
手動で、exe と ini を c:\program files\A\ に配置するしかないのでしょうか？
このシステムを納品する際は私ではないので、ややこしい下層のディレクトリだと
他の人が分かりづらいので...
Setup.exe のインストールで本来のディレクトリへ一度で保存できるように、インストール時にディレクトリを
選択できるように設定することは可能なのでしょうか？

MSDNのホームページを調べていますが、まだわかりません。

申し分けありませんが、どうぞよろしくお願い致します。

VB6からのアップグレードを試したことがない（試せる環境もない）ので、Setup.exe が
どういう風にできているのかわかりません。
2008でセットアッププロジェクトを作り直せば、まだアドバイスもできるのですが。

aetos様
ご返信頂きありがとうございます。

私の勉強不足で、Setup.exeを作るのではなく、インストーラパッケージの
.msiの作成でファイルシステムの設定で、iniやexeの配置フォルダの指定ができました。

ご迷惑をおかけしました。大変お世話になりました。