ミミです。
遅くなりまして申し訳ありません。
最終的に、何百回か GetTickCount()を使用してテストを行いましたが、
全てほぼ似たり寄ったりの結果(１６秒)となりました。
# 「３のケースだけ、最大２秒の誤差が発生」と書き込みましたが、
# 結局はパスの違いであり、かつテストプログラムという事ですので、
# 今回は、作業時間の都合上、無視することにしました。
また、APIベースとMFCベースとも、「処理Ａ（少々時間のかかる処理）」
にかかる時間に大きな差違はありませんでした。(GetTickCount()で計測)
WindowProc()の記述によるパフォーマンスはほとんど変わらないという
結果が得られましたので、本件解決とさせて頂きます。
>GetTickCount() を追加したら GetLocalTime() の精度が向上した理由
とりあえず、Windowsで時間計測する場合は、GetTickCount()もしくは
timeGetTime()を使用するのが一般的のようですので、以後これに従います。
GetLocalTime()と、GetTickCount()の違いは、タイマーを１秒間に取得する
間隔(？)が違う様です。
( http://oshiete1.goo.ne.jp/kotaeru.php3?q=1422868)
GetLocalTime()は、スポットで取得する様な場合や、そこまで精度を求めない場合は、
良いのかもしれませんが、ループを介して重い処理を行う様な前後では、
著しく精度悪化する様ですね。
皆様、ありがとうございました。
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