フォーカスがあればキーボードイベントを使う手があると思いますが

バッチファイルに，
test.exe test.txt
と書いておいて，
cmd.exe /k バッチファイル
を呼び出してやればできませんかね？

実行するＯＳとＶＣのバージョン
特に実行ＯＳによって挙動違うんですけど
CreateProcessしかやったこと無いんだけど
コマンドラインで「TEXT.BAT　0001」とやると、TEXT.BATは　0001と認識しますが
CreateProcessで同じ記述をしてもパラメータ「0001」と認識しないOSがいます

すべてできちんと動作させるには
「TEXT.BAT　/0001」
としなければ、きちんとした動作になりません
ShellExecuteも同じような考えで動作しませんかね

DOS窓が出て入力待ちにならないと、やはりダメなんですかね？

アプリでDOS窓を起動させ、入力待ちにさせる行為自体にどんな意味があるのか
またどんな必要性があるのか不思議なのですが？
アプリ作る意味なさそうですけど？

Windowsの「Shell」って「cmd.exe」と同等のものと思いますけど違いますかね？
つまり　アプリ→シェル（ShellExecute）→シェル（cmd.exe）→入力待ち　　
見たいな動作させてませんか？　これでいいの？

systemを使えばいいと思いますよ。
例えば
#include<stdlib.h>　←必要
system(cls);
なら、すべてのDOS上の画面消えますし、
system(～.EXE)
なら　～.EXE が実行できます。

例：---------

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
void main(void)
{
system(C:\\windows\\notepad.exe C:\\test.txt); //←\\が二ついるのに注意
}

-------------
C:\test.txt を作って試してみてください。ちゃんと関連付けられてnotepadが実行されま
す。

このことを聞いていてのですよね？