自分の環境でも、ちょっと確認してみました。
環境は、WINDOWS2000、VC++ 6.0 Enterpriseです。

system関数でDOSコマンドを実行してみましたが、
DOS窓はちゃんと消えました。
ということは、DOS窓が消えないというよりは、
外部起動したアプリケーション自体が終了して
いないということでしょう。この場合は当然
消えません。

もし、どうしても消したいのならばCreateProcessで
子プロセスを生成して、EnumWindowで子プロセスの
ハンドルを取得、そのハンドルを使って操作・・・、
これはちょっと面倒ですねえ・・・。

ちょっと暇があったので、アプリケーションを
起動して、終了させるサンプルを書いてみました。
役立つといいんですが。

STARTUPINFO si = { sizeof(si) };
PROCESS_INFORMATION pi;

BOOL bResult = CreateProcess(NULL, notepad.exe, NULL, NULL,
TRUE, NORMAL_PRIORITY_CLASS, NULL, NULL, &si, &pi);

if ( bResult ) {
WaitForInputIdle( pi.hProcess, INFINITE );
EnumWindows( EnumWindowsProc, pi.dwProcessId );
CloseHandle( pi.hProcess );
}

BOOL CALLBACK EnumWindowsProc(HWND hWnd, LPARAM dwProcessId)
{
DWORD lpdwProcessId = 0;
::GetWindowThreadProcessId(hWnd, &lpdwProcessId);

if ( (DWORD)dwProcessId == lpdwProcessId ) {
::PostMessage( hWnd, WM_CLOSE, 0, 0 );
return FALSE;
}

return TRUE;
}