>SetWindowPos(hWnd, HWND_TOP, 0, 0, 0, 0, SWP_NOMOVE | SWP_NOSIZE |
SWP_SHOWWINDOW);

一般にはこれで成功するはずですね。
というか、自分はこの方法で問題に遭遇したことはありません。
ただし、慎重な人はSetForegroundWindow()を併用するかもしれません。

私の場合、以下のHPにある
http://www.sangyo-rock.com/tech/index.php?WindowsAPI%B4%D8%CF%A2

SetAbsoluteForegroundWindow()という関数を利用しています。

こういう動作でしょうか。
(1)WS_EX_TOPMOSTのウィンドウが表示されている。
　(例)タスクマネージャが開かれていて、タスクマネージャの
　　　メニュー/オプション/常に手前に表示がチェックされている

(2)MyAppのウィンドウをマウスクリックなどでアクティブにすると、
　(1)のウィンドウよりも手前に表示される。

(3)(2)の状態で別のウィンドウをアクティブにすると、
　(1)のウィンドウは最前面に表示され、
　その奥に(3)のウィンドウが表示されアクティブになり、
　MyAppは(3)よりも奥に表示される。

それならば、
case WM_NCACTIVATE:
if(wParam)
SetWindowPos(hWnd, HWND_TOPMOST, 0, 0, 0, 0,
SWP_NOSIZE | SWP_NOMOVE | SWP_NOREDRAW);
else
SetWindowPos(hWnd, HWND_NOTOPMOST, 0, 0, 0, 0,
SWP_NOSIZE | SWP_NOMOVE | SWP_NOACTIVATE | SWP_NOREDRAW);
return DefWindowProc(hWnd, message, wParam, lParam);

とりあえず、これで何とかなりました。

WM_ACTIVATE,WM_ACTIVATEAPPハンドラやSWP_xxxフラグでもっと良くなるかもしれませ
ん。

ところで、
NEOさん呈示のコードはどのメッセージハンドラにかいたのでしょうか。
または、Createの直後にかいたのでしょうか。
どの段階でSetWindowPosを呼び出したのかわからないと回答も出にくいと思います。

すみません、訂正です。SWP_NOREDRAWは２ケとも削除してください。
正しくは、
case WM_NCACTIVATE:
if(wParam)
SetWindowPos(hWnd, HWND_TOPMOST, 0, 0, 0, 0,
SWP_NOSIZE | SWP_NOMOVE);
else
SetWindowPos(hWnd, HWND_NOTOPMOST, 0, 0, 0, 0,
SWP_NOSIZE | SWP_NOMOVE | SWP_NOACTIVATE);
return DefWindowProc(hWnd, message, wParam, lParam);