＃今更言うことでもないかもしれませんが

ただ漫然とコードを追いかけるのではなく、コードの意味、つまり、そのコードを書いた人が何
を意図し、どんな結果を期待して書いた処理なのかをつかむことができれば、スピードはぐんと
上昇すると思います。
意味を読むためには、とにかく経験をつむことだと思います。
同じ意味のコードでも、書き方は何通りもありますから、それぞれの書き方を別個のパターンと
して捕らえていたのでは、いつまでたっても終わりません。
書き方にとらわれず、そこから意味を抽出すること――これには、仕様を知っていることが大き
な助けとなるでしょう――が大切だと思います。

同じ事なのですが、例えばデザパタを勉強してみるとか。
デザパタが適用されたコードならば、どんなパターンかをつかむだけで、意味をつかむ助けにな
ります。
「ここは○○パターンを使っている」とかコメントが書いてあると、ぐっと楽になるでしょう
ね。

上達の為に多くのコードを読むことは必須だと思いますが、
漫然と読んでいても効果は薄いでしょう。
特効薬は無いと思いますが、考えられるアプローチを。

コードが理解しにくいのは、読む人の技量が足りないせいだけでなく、
書く人の技量が足りない面もあるかもしれません。
自分が理解した部分を自分が理解しやすい形に書き換えてみてはどうでしょう。
（書き換えたものを無責任にリリースしないように。当たり前ですが）

このときコメントは付けないようにし、元々のコメントも削除します。
処理が判りにくいからコメントを付けるのではなく、コメント無しでも
判りやすい処理・コーディングにする、ということです。
（実際の仕事では、この主張は受け入れられないかもしれませんが）

そのうち「初めからこう書いてあれば、直ぐわかったのに」という
ことも起こるでしょう。読みやすいコーディングを身につけたときは、
他人の書いた読みやすいコードも楽に読めると思います。
読みにくいコードについては、誰でも苦労するはずですが、
苦労の度合いは小さくなっているのではないでしょうか。

＞コードトレースの基本とはなんでしょうか?
実行結果の予想が出来ることではないでしょうか
材料
・仕様書
・データ
・コード（オブジェクト単位に分割検証したあとで）
　変数サイズの把握や、再帰、言語基礎知識などなど
その他、解析の経験、自分なりの凡例集の書きとめ

ツールを使うなら、得意とするものを精通するまで使ってみてはどうですか
何もＶＣだから、Ｖｉｓｕａｌ　Ｓｔｕｄｉｏを使わなければいけないと言うものでは
ないはずです

俺は仕事のメインがＣＯＢＯＬですが、
ＷＥＢあり、サーバー系あり、クライアント系あり
他言語リンクありの作業してますが、どの言語でも統一して、自分で使えるツールの
習得は行ってますよ
トレースする場合のツールとは、ＰＣソフトに限りませんよ、
他人（無関係な人）もツールのひとつです

＞コードトレースのスピードを上げるよい方法はないものでしょうか。
他人のふんどしで相撲を取るのもひとつの手ではないでしょうか